医院具有很高的学术水平和学术地位，全院现有数十名专家担任国家、军队和省级学术组织主任、副主任以上职务。总后"三星"人才培养上，目前有2人获"科技金星"、3人获"科技新星"称号，2人获"一代名师"称号、3人获总后"伯乐"奖。目前医院拥有1个国家级重点学科-消化病研究所、1个国家级药物临床试验机构-药学部、拥有中医肾病学、中医脑病学等2个国家中医药管理局重点学科，拥有消化病、肾脏病、优生优育等3个全军研究所和影像医学、心血管内科、血液病、创伤骨科、脊柱外科、烧伤整形、涉外医疗等7个全军中心，2个广东省重点学科及5个省重点专科。在肿瘤综合和生物治疗、肾及器官联合移植技术、显微创伤外科、骨科技术、大面积烧伤救治、重大突发事件的应急急救医学、整形美容、消化病诊治、肾病的综合治疗、血液病治疗、心血管病诊治、试管婴儿、影像诊断等方面形成明显的技术特色。医院目前承担着国家973、863项目及国家自然科学基金等高档次的科研课题100余项，在研课题经费达4000余万元；截止2004年医院共获军队、省部级三等奖以上奖励300余项，其中国家科技进步二等奖7项，军队、省部级一等奖12项，二等奖103项。
　　医院于1993年建立了国内首家航空医疗救护站，开辟了快速、立体、远程救护的绿色通道，到目前已成功救治了100余例患者，在社会上产生了巨大的影响。投资1600余万元建立和完善了医院信息化管理系统和基于PACS的远程医疗会诊系统，实现了医院数字化和办公自动化管理。专为海内外同胞提供高档次医疗服务的"惠桥楼"，以其优美舒适的环境，精湛一流的医术、高尚的医德、热情优质的服务享誉海内外，至今已接待了70多个国家和地区近7万人的住院和查体。1995年3月被江泽民总书记授予"模范医疗惠侨科"荣誉称号，为全军唯一的"涉外医疗中心"。

二、合协E-HR系统顺利实施并通过验收

  为了更好提升人力资源管理的信息化水平以及理的效率，南方医院于2007年秋引入Longstars-eHR系统，在双方项目组成员紧密配合之下，该项目实施顺利，并于近日通过验收。